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芯片檢測

一、芯片檢測流程


樣品質檢-項目確認-芯片實驗-數據分析


二、樣品要求

 

1. DNA 濃度大于50ng/ul。

2. DNA 樣品體積大于20ul。

3. DNA 總量大于1ug。

4. DNA 的吸光度260/280比值在1.7-2.1之間,瓊脂糖電泳檢測DNA主帶清晰完整,無明顯RNA污染及蛋白質大分子污染。

5. 請附送一管DNA樣品的溶解介質。

6. 請務必保證樣品運送過程中溫度保持在4度以下,夏季以干冰運送為好。


三、illumina BeadArray SNP分型芯片的特點


1.密度高信息量大

BeadArray芯片密度高,9平方毫米的面積上有5萬個不同類型的微珠,一張芯片最多可容納300k特異性標記的微珠。 

2.需要樣本量少,成本低
illumina芯片面積小意味著需要的標記樣品量少,反應所需樣品量僅為250ng;全基因組分型芯片僅為750ngDNA。

3.重復性好
由于標記的微珠混合均勻,且是自行組裝的,不存在點樣誤差,每張芯片在解碼時都通過雜交進行質量控制,illumina對不同304,556個SNP進行了對照實驗,結果顯示304,511個SNP無差異,重復性達到了99.99%。

4.實驗成功率高
BeadArray技術是利用編碼序列間接雜交的。所有的編碼序列都經過特殊設計,具有近似的雜交溫度,退火溫度以及CG含量穩定等特點,雜交效率很高。所以,使用微珠芯片進行基因分型實驗的成功率極高。對2,267,188個SNP進行分型,其中只有1,432個基因型未被檢出,實驗成功率達到了99.94%。

5.準確性好
對BeadArray芯片得到的1,940,990個SNP結果進行分析,從中只發現發了97個SNP有孟德爾遺傳錯誤和578個基因重組錯誤。其孟德爾遺傳錯誤率只有0.0049%,基因重組率錯誤只有0.029%。

6.芯片格式靈活多樣
客戶可根據樣本量以及SNP位點數量來確定使用何種格式的芯片。


四、芯片種類


1.人類基因分型芯片(Human Genotyping)

illumina 的人類基因分型芯片,可支持全基因組、靶向基因組和外顯子組的分析。由業界領先的BeadArray和Infinium檢測技術所支持,它們可提供出色的數據質量和高密度的基因組覆蓋。您可以選擇專家定義內容的即用型 BeadChip 芯片,聯盟開發的特定應用芯片,定制或半定制芯片,以滿足特定的研究需求。


2.非人類基因分型芯片(Non-human Genotyping)

illumina 為其它物種的生物提供一套完整的基因分型芯片產品。對于作物、牲畜和模式生物,目前有即用型的 BeadChip 芯片方案可供選擇,它們利用專家精選和聯盟開發的內容。對于那些尚未開展遺傳研究的生物,可利用已知或疑似標記創建定制的 iSelect 芯片。這些 BeadChip 芯片支持高通量的多重處理, 適合大量樣品的研究,以每個樣品的低價格帶來高質量的數據。


3.人類甲基化芯片(The Infinium MethylationEPIC BeadChip)

DNA 甲基化對生命過程起到非常關鍵的作用,是基因精確調控的方法之一。在哺乳動物基因組中,DNA 甲基化是指 CpG 二核苷酸中的咆嘧啶第 5 位碳原子被甲基化。另外 DNA 甲基化是一種基因外修飾,不改變 DNA 的一級結構,它在細胞正常發育、基因表達模式以及基因組穩定性中起著至關重要的作用?;虻姆钦<谆图膊£P聯,如腫瘤(抑癌基因的沉默);精神性疾?。≧ett 綜合癥);X- 染色體沉默;自身免疫疾病等。DNA 甲基化已成為當前分子生物學的研究熱點之一。研究者對通量更高、覆蓋更全、性價比更高的甲基化芯片服務的需求更為迫切。

The Infinium MethylationEPIC BeadChip 甲基化芯片全面覆蓋表觀基因組的關聯研究,可以基于單核苷酸分辨率定量檢測基因組中的甲基化位點,包含三種規格試劑盒:16、32、96 樣本。


4.各類定制芯片


⑴ 客戶定制芯片

定制流程

a. Input File Type:客戶將挑選好的位點信息(在基因名稱、染色體區域、序列信息、rs 號、CNV 區域這五類信息中選其一)提交給怡美通德公司。

b. Assay Design Tool(ADT):Online 軟件(ADT)對位點進行評分。

c. Score File:提供評分文件,除位點成功率預測外,軟件還同時提供以下信息: 狀態驗證 (validation status)、 最小等位基因頻率等。

d. 客戶根據評分文件對位點進行調整。

e. 下單訂購


⑵ 聯盟定制芯片

illumina 從整合資源的角度出發推出了許多聯盟定制芯片,這些芯片是由聯盟成員選擇定制芯片的位點,并承諾訂購相應數量的芯片。這樣做大大提高了樣本數量,從而降低了單個樣本的成本。目前已組成了多種人類和動植物的聯盟。由于整合了聯盟成員的資源,使得每個聯盟參與者都受益。illumina 所有的芯片都旨在使研究工作更快更好,推進高價值方法的開發,并在現實世界中迅速實施這些應用。如果您希望參與一個聯盟,或有意發起一個新聯盟,可直接與我公司的代表聯系。

* 狀態備注:

開放:開放的聯盟產品可直接訂購。

封閉:封閉的聯盟產品需通過聯盟領導者的準許后訂購。

召集中:由 illumina 或其它研究機構發起希望組成的聯盟。







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