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Chromium從頭組裝(de novo)解決方案

True Diploid Assembly with the Supernova Assembler

利用Supernova? Assembler系統可發現真實的基因組信息,并且成本低,質量高。10x Genomics

不需要任何類型的參考序列,即可揭示樣本特異性序列,研究二倍體基因組結構。


解決方案的特點

● 建立真正的二倍體從頭組裝
● 快速、經濟、簡單的從頭組裝工作流程
● 在2周內完成從樣品到組裝
● 10 Mb的scaffold和更長片段的精度
● 僅需1ng DNA就可以得到高質量的組裝文庫
● 在人類基因組中已經得到驗證和支持



上圖:De novo組裝的工作流程和要求。

從1ng起始DNA開始,使用Chromium? Genome Reagent Kit試劑盒進行文庫準備,在Illumina Hi Seq 2500或X進行38-56x深度測序,然后運行 Supernova? Assembler程序。該軟件使用方便,只需要三個簡單的軟件命令:從BCL文件開始,然后demux,以您選擇的FASTA格式組裝和導出。

應用

● 參照基因組的創建
● 雜合de novo組裝
● 生成基因水平的de novo組裝

研究領域

● 農業基因組學
● 遺傳疾病
● 癌癥基因組學
● 群體遺傳學
● 生物多樣性
● 基因編輯

支持的基因組特性

基因組大?。夯蚪M在1GB-3.2GB的范圍內已經過測試。

二倍體基因組:Supernova Assembler程序已經在二倍體基因組上得到了很好的測試,單倍體和多倍體基因組尚未評估。

其他基因組特征:Supernova Assembler還沒有對重復序列遠大于人類的基因組,以及有極端GC含量的基因組進行測試。

克隆性:我們強烈建議從單個有機體或克隆群體中獲取DNA。

DNA大?。何覀兘ㄗhDNA大小為50 kb,或最好是100 kb或更大。


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